Biokaasun tuottajilla on ollut haasteena löytää jatkojalostukseen toimivia ja kannattavia teknologioita. Jäännös voidaan separoida kuiva- ja nestejakeiksi, jolloin fosforirikas kuivajae (kuiva-ainepitoisuus 20–30 %) on taloudellisesti kuljetettavissa kauemmas. Typpipitoista nestejaetta pyritään väkevöimään, mutta monet testatut teknologiat ovat olleet haasteiden edessä heterogeenisen nesteen kanssa. Tästä syystä jäännöksen jalostaminen erilaisiksi lannoitetuotteiksi ei ole kansainvälisestikään kovin yleistä, vaan vasta kehitteillä. Onnistuneita demonstraatioita ja käyttöönottoja tarvitaan.
Olennaista on myös ymmärtää, millaisia kierrätyslannoitteita jalostuksella pyritään luomaan ja säätää teknologiaa sen mukaan. Hienosti toimiva tekniikka ei yksin markkinoille pääsyä takaa, mikäli sen lopputuote ei ole loppukäyttäjien tarpeen mukainen. Kierrätyslannoitteiden valmistuksessa tulisikin olla tietoinen loppukäyttäjien toiveista ja tarpeista, lannoitteiden levityksen tekniikan reunaehdoista sekä viljeltävien kasvien lannoitustarpeesta.